反式剪接指的是两条不同的pre-mRNA的外显子连接到一起。与正常的顺式剪接不同，这里的两段外显子是来自不同的pre-mRNA的，但却可能来自同一基因。“经典”反式剪接见于锥虫和线虫，近期在人类身上也发现了反式剪接。