原子轨道线性组合得到与原子轨道数目相等的分子轨道。例如，两个原子轨道组成两个分子轨道，其中一个分子轨道是由两个原子轨道的波函数相减组成，该分子轨道在两原子核间的电子云密度很小，这种轨道称为反键轨道。反键轨道的能量比原来两个原子轨道的能量高。反键轨道中，核间的电子的概率密度小，电子填入反键轨道中会使分子的稳定性降低。