初中3年级的春天，15岁的古畑任三郎（山田凉介）因为家庭的关系，从东京转学到一个乡下的中学。班上同学对这个环绕着都市气质，不爱与人接触，总是独自一人读着推理小说的新同学非常好奇。有一天，学校的花坛发生了捣乱事件。教导主任怀疑是某个学生干的，但在古畑的推理下事情得到了顺利解决。这件事在学校里不胫而走，许多人都为了解决问题而来找古畑。在朋友的建议下，古畑利用村里一个古老的闲置屋开设了侦探事务所。来解决各种各样的委托任务。有一次古畑接受了一个委托，说村里有埋葬黄金的传说，在隐蔽的地方有记载着暗号的文书遗留下来，但是现在谁也无法解读。古畑于是决定去解开这个谜团……