密云博物馆于1991年由县政府正式批准建制，性质为社会科学类地志性综合博物馆。自建制后至2002年底，馆舍一直占用的是由北京东城区美术馆后街路西迁建于密云的、实施异地保护的清代大公主府，占地33亩，总建筑面积2345平方米。2002年，新建了密云博物馆新馆大楼，2003年1月，密云博物馆新馆正式向社会开放。