澎湖水师协为台湾清治时期甫开始﹔1684年即于台湾澎湖境内设置的军事单位。其原因是在清军攻下台湾与击溃郑家军过程中，认识到澎湖群岛其实是台湾本岛和福建漳泉的门户。而设置此水师协，也就是为了扼住台湾峡的战略位置。