初级溶酶体是刚刚从反面高尔基体形成的小囊泡，仅含有水解酶类，但无作用底物，外面只有一层单位膜，其中的酶处于非活性状态。如果从细胞的分泌活动考虑，初级溶酶体是一种刚刚分泌的含有溶酶体酶的分泌小泡。初级溶酶体呈囊泡状，直径约0.2-0.5um,，由一层单位膜包裹。在电镜下，不同种类的细胞，甚至是同一种细胞中，其溶酶体的形态、大小和内部结构也往往随所处机能状态的不同而有明显的差异。