福建医学院的前身是福建省立医学专科学校。民国26年(1937年)6月创办于福州市，同年10月，福建省立医院划为该校附属医院。民国27年6月，因抗日战争迁往闽北沙县。同年8月，定名为福建省立医学院，学制6年，毕业生授医学士学位。1996年4月，经国家教委批准，更名为福建医科大学。