妙法林位于鹭岛东南，原旧破布山白鹿脚下，是五老峰西南支脉的延伸。东南毗万石山植物园，西南靠古刹南普陀寺，西北邻鼓浪屿，东北望筼筜湖与狐尾山，现址在思明区励志路1号。因地处市区边缘，远离尘嚣，环境清幽。建寺前这里层峰罗列、山峦耸峙，林木葱郁、百草丰茂，奇花异草、遍地丛生，白天人迹罕至，夜晚磷火闪烁。