清真禅寺初创于宋末元初。初创时为正殿两进。元大德年间（1297-1307）建右侧配殿“夫人宫”，明嘉靖八年（1529）增建前殿，清乾隆年间重修正殿；清嘉庆年间（1796-1820）扩建女客房，清咸丰十一年，太平军攻占青田，前殿被焚毁，同治元年重建；清光绪三十一年建东西辕门，民国十六年（1927）建钟鼓楼，1985年筑围墙，拆去东西辕门，建山门，挖筑放生池，造花园，规模进一步扩大，并将钟鼓楼纳入寺庙范围，形成一个整体寺庙建筑群。