慈灯寺为清雍正帝五年（1727年）由小召喇嘛呈请朝廷修建，1732年朝廷命名为慈灯寺。此塔建于清雍正帝五年（1727年），落成于雍正帝十年，光绪十二年（1886年），阳察尔济格根三世死后，寺中没有了活佛，喇嘛都回到小召。后寺宇败落，仅存五塔。1962年起，设兼职保护员。1977年进行修葺，成立了呼和浩特市文物管理所，开始建立资料档案。1982年成立五塔文物保管所，树立了保护标志。