中药是指在中医药理论指导下，用于预防、治疗疾病的各种药物，包括中药材（植物、动物和矿物）、中药饮片和中成药等。中药物种的多样性和多原性，中药成分的丰富性和复杂性，中药配伍的灵活性和多变性，中药信息资源的急剧增长和海量资料的挖掘和整理，中药研究现有实验技术的局限和不足等等，决定了中药研究不可想象的复杂性和艰巨性。因此，我们认识到要正确理解构成中药复杂系统的要素（组成成分）、要素间的相互作用及其个体和整体的效应，需要改变常规的思维方式，在现有的医药学实验科学方法的基础上，应用计算科学及其方法，处理中药研究中关键的科学问题。这就是所谓“计算中药学”的来由。