隐性菌血症由肺炎球菌引起者占65%~75%,其余部分由各种细菌，包括脑膜炎球菌和沙门菌属，金黄色葡萄球菌等所引起。在婴儿常规计划免疫中包括6型流感嗜血杆菌在内的一些国家中，由此而引起的菌血症发生率已显著减少。