免疫球蛋白、T细胞抗原受体及MHC分子等的功能区中某些氨基酸具有共同重复性、结构的相似形和功能的一致性，故称为同源功能区。链内二硫键折叠成球形区称为功能区（domain）约由110个氨基酸组成。氨基酸的顺序具有高度的同源性。包含L链功能区和H链功能区。抗体的L链和H链中V区或C区每个功能区的二级结构是反向平行的β片层结构。VL和VH是抗原结合的部位。