真菌性食管炎的病原菌以念珠菌最为多见，其中最常见的是白色念珠菌，其次是热带念珠菌和克鲁斯念珠菌。其他少见的有放线菌、毛霉菌、组织胞浆菌、曲霉菌、隐球菌以及一些植物真菌等，这些菌是从外环境中获得的，其所引起的原发性食管感染仅见于严重免疫低下的病人。