主要的免疫系统包括以胸腺、脾脏、骨髓、淋巴管、淋巴节和二次淋巴组织（如扁桃体或是增殖腺)和皮肤。在免疫系统在组织学的检查上，主要的器官、胸腺以及脾脏只能在死后解剖上得以了解，但是类似淋巴结或是二次淋巴组织可以在存活的状态下经由外科手术来得以认识。免疫系统上许多组成分子多半以细胞的形式在身体的各器官、组织中运行。